Razgraditi hranu do manjih sastojaka te apsorbirati nutrijente od kojih organizam može imati koristi, ali istovremeno i eliminirati tvari koje su potencijalno rizične za zdravlje. Bakterije gastrointestinalnog sustava neophodne su za njegovu normalnu funkciju, iako neke mogu biti i potencijalno patogene. Kod narušene ravnoteže mikroflore tj. kad dobre i loše bakterije nisu u ravnoteži može doći do izazivanja imunosnog odgovora kod domaćina.