Veliki dio imunosnog sustava smješten je upravo u stijenkama gastrointestinalnog sustava te u mezenteričnim limfnim čvorovima, a naziva se limfni sustav crijeva. Zaštitna mikroflora najčešće je promijenjena kada se organizam nalazi u stanju stresa ili kod osoba čiju prehranu odlikuje visoki unos zasićenih masnoća, crvenog mesa, namirnica bogatih trans-masnim kiselinama, te nizak unos prehrambenih vlakana i drugih vrijednih nutrijenata što je karakteristično za zapadnjačku prehranu u čijoj populaciji je i pojava atopijskog dermatitisa u stalnom porastu.